明末鄭成功治台時期，李氏先祖等人從福建家鄉渡海來台，自高雄港循愛河溯流而上，至龍水上岸，搭寮居住，開墾龍水。當時渡台者有二批人，一批定居在現今的旗津中洲、大汕頭一帶，一批到達龍水。

先祖來台從福建李氏祠堂（隴西堂）奉請神祇隨行保佑，神祇有中壇元帥（又稱太子爺）、李府王爺【註一】、神農大帝、馬夫、神馬。

先祖來台為單身漢，娶平埔族婦女為妻。開墾之初，搭寮居住，將神明供奉在中廳，先祖務農，家族定居此地至今。小時候與祖父同床，常聽祖父說，祖先來台已三百餘年；化龍宮的中壇元帥(大太子)曾降鑾示諭，祂金身為五十六代，至今已得道近五百年。（按：若口述者記述無誤，李氏先祖等人可能在荷蘭治台時期即已來台開墾）族譜目前只能上溯到我的前六代，再往上的資料已斷層。在台的祖先曾有一位受到皇帝賞賜。（按：可能是有功名）

曾見到一只記明乾隆四十年卒的祖先（女）神主牌位。再之前的神主牌，因光復初期的瘟疫、水災之故，在祖父時期於豬舍旁燒毀（當時的祖先牌位供奉在豬舍旁的廳屋），數量約三布袋。

龍水港一帶的田地全為先祖開墾，直到民國初年才有外縣市人民遷徙來此。光復前，客家人從桃園遷徙來高雄的寶珠溝、五塊厝及龍水，在龍水的客家人有黃、劉、葉氏等。 早期的太子爺公祠的位置約在現今廟址的東北方約100公尺處，當年先祖開墾的聚落今已難尋。

光復前，日軍有二艘六人座的潛水艇躲藏在龍水港河域。當時這段河域尚未築堤，河道寬度為今日的2-3倍，岸埔有竹林易於潛水艇躲藏。美軍轟炸機沿河轟炸，祖宅大廳部份被炸毀，神像李府王爺受損。請李府王爺退神後，將李府王爺神像擇地掩埋。

由於供奉神明的公廳受損，太子爺神像由信徒輪流請回供奉，直到李家大廳重建完成，再將太子爺神像迎奉回李家大廳。之後，由家族長老 李文壽發起建廟，族人 李子貢捐田地50坪建廟，利用農閒自現今元亨寺山腳挖掘石塊（珊瑚礁石），以牛車載運，填築建廟的地基，只建主殿。建廟工程費時2-3年，費時這麼久，是因當時物資缺乏之故。約在民國39年廟成，額「化龍宮」，擇日自李家大廳迎請神明奉祀。民國48年再由 曾林越妹(俗稱菜姑、師姑)募款增建主殿兩旁的廟室。（按：偏殿）

早期三鳳中街尚未形成南北貨的市集前，三塊厝的居民挑著雜貨從排仔渡頭渡河到龍水港的渡頭前往左營地區販賣。遇天氣不穩定時，如風雨太大，竹筏難渡，或到渡頭附近的李氏祠堂祈求太子爺的香灰隨身保佑，或夜宿李氏祠堂。後，果真平安順利，三塊厝居民感念太子爺的疪佑，以分香（香灰）的方式建廟奉祀，自請師傅雕刻金身供奉，額「三鳳亭」。（現今稱「三鳳宮」）

三鳳宮年農曆九月七日上午9點前會回化龍宮謁祖，請化龍宮太子爺（二太子金身）前往三鳳宮看大戲；九月十日上午9點再將太子爺奉請回宮安座。

化龍宮供奉的太子爺金身現有六尊，分別是大太子、二太子、三太子、副大太子、副二太子、副三太子；除大太子(開基老祖)金身外，餘是在台灣另行雕刻供奉。 【註二】現今化龍宮的主神中壇元帥金身（大太子）是否為先祖渡台所攜帶的原尊，未敢明確保證，但從神像臉部有脫漆痕跡，其底座因昔日信徒求作藥引，長久刮刨，底座已凹了一大塊來看，若非原尊，亦是年代久遠。現存的神農大帝及馬夫、神馬金身是先祖渡台時所攜帶的原尊。

獅甲廟是由三個庄合建的，這三個庄分別奉祀池府王爺、保生大帝、中壇元帥，中壇元帥是化龍宮的分靈金身。後來，三個庄合建「廣濟宮」，合祀保生大帝、池府王爺、中壇元帥，是為獅甲廟。每年農曆九月八日獅甲廟的太子爺會坐大轎回祖廟化龍宮謁祖。

龍水港渡頭對岸稱「過港」（俗稱「排仔渡頭」），有聚落，現今尚有親戚（李氏宗親）在龍水港附近居住。